Mutaciones simuladas dirigidas a un sitio en un ambiente de realidad virtual como una ayuda poderosa para la enseñanza de la estructura tridimensional de proteínas

Abstract

La visualización molecular de las consecuencias de mutacio¬nes dirigidas puede auxiliar a estudiantes de licenciatura y de grado en el aprendizaje de las relaciones estructura-actividad de proteínas. Sin embargo, los datos estructurales experimentales se limitan a unas pocas mutaciones, la mayoría sobre sitios activos y los cálculos de cómputo a tiempo real son muy lentos para ser utilizados en una sesión de clase estándar. Dado que el precálculo de todas las posibles mutaciones para una proteína dada no es factible, se optó por crear una base de datos de modelos con una mutación de sitio suave (alanina) o una agresiva de la pirofosfatasa homodimérica. Los modelos se despliegan con el paquete VMD en el laboratorio IXTLI (la instalación de realidad virtual de la UNAM). Programamos una interfase de usuario para crear la ilusión de mutaciones en tiempo real con un click del ratón. En una sesión en la que los estudiantes trabajaron semi-guiados con el programa encontraron amigable la interfase y explotaron las capacidades del software rápidamente. Su desempeño varió sustancialmente, pero la mayoría se mostró altamente motivada y bene-ficiada por la sesión.